CFDE содействует сотрудничеству в разработке креативных и практических решений проблем, связанных с данными, в рамках хакатона Bio-IT.

Авторы: Аллисса Диллман и ЛаФрэнсис Гибсон

15 июля 2026 г. | Хакатон Bio-IT FAIR Data 2026 дал старт 25-й Всемирной конференции и выставке Bio-IT, собрав 32 специалиста по анализу данных, разработчиков программного обеспечения, студентов и профессионалов в области биологических наук для решения реальных задач, связанных с данными, с использованием принципов открытого исходного кода и FAIR (доступность, возможность поиска, совместимость, повторное использование). 18–19 мая 2026 года шесть команд собрались для реализации проектов, использующих омиксные данные из общей экосистемы данных NIH (CFDE) и интегрированные инструменты CFDE для изучения таких тем, как перепрофилирование лекарств, меметика физических упражнений, открытия, интерпретируемая прогностическая оценка рака, побочные эффекты лекарств, открытие посттрансляционных модификаций и противодействие заболеваниям с помощью физических упражнений.

Учебный центр CFDE провел хакатон, чтобы объединить различных членов научного сообщества для развития открытой науки и исследований на основе данных, а также для популяризации доступных наборов данных, инструментов и ресурсов CFDE. Участники стремились поделиться своим опытом и воспользоваться опытом других, узнать больше о ресурсах, которые предлагает CFDE, и установить новые связи для сотрудничества в самых разных областях. К моменту окончания мероприятия участники разработали инновационные решения, которые укрепили исследовательское сообщество.

В этом году команды получили призы на сумму 15 000 долларов США, присуждаемые за результаты проектов, направленных на улучшение взаимодействия между CFDE и внешними наборами данных, инструментами и платформами. Все проекты команд доступны через организацию GitHub https://github.com/BioITHackathons, а их репозитории для хакатона находятся по следующим адресам:

1. Перепрофилирование лекарственных препаратов на основе анализа сходства заболеваний с использованием базы данных BiomarkerKB и других ресурсов и инструментов CFDE.
2. Поиск имитаций физических упражнений с помощью моделей Gene Set Foundation и интеграции данных CFDE.
   
3. Извлечение секретов посттрансляционной модификации из CFDE
   
4. CFDE: Поиск знаний на основе данных для выяснения молекулярных основ побочных эффектов лекарственных препаратов
   
5. **Физические упражнения как лекарство: выявление молекулярных маркеров, противодействующих заболеваниям, на основе мультиомиксных данных крыс**
   
6. Визуализированные нейронные сети для оценки реакции на лекарственные препараты при раке (CellMap-VNN)   

** Ссылки на эти проекты в настоящее время закрыты для просмотра.

Члены команды использовали социальные сети, чтобы рассказать о своей работе и опыте:

«Это был один из самых технически и биологически насыщенных проектов, над которыми мне довелось работать. Соединить инженерные решения в области машинного обучения с системной биологией за 48 часов в невероятной команде — это то, что я никогда не забуду».

«Задача FAIR была не только технической — она заставила нас тщательно продумать гармонизацию идентификаторов генов в разных базах данных, воспроизводимый дизайн конвейеров обработки данных и обеспечение возможности повторного использования результатов в различных контекстах заболеваний. Этот опыт расширил мое понимание того, как открытые экосистемы данных в сочетании с продуманной инженерией могут ускорить научные открытия. Он также укрепил навыки, которые мне важны: создание модульных конвейеров обработки данных, интеграция разнородных источников данных и создание чего-то, что другие действительно смогут использовать и расширять».

Желающие узнать больше о мероприятиях учебного центра CFDE могут отправить письмо с текстом SUBSCRIBE на адрес [email protected], чтобы получать новостную рассылку о мероприятиях.

Учебный центр экосистемы данных Общего фонда (CFDE) управляется некоммерческой корпорацией ORAU (501(c)) в координации с BioData Sage LLC. CFDE TC полностью финансируется Общим фондом Национальных институтов здравоохранения (NIH) в рамках гранта 1OT2OD037922-01.

Данный отчет о хакатоне был подготовлен Организационной командой хакатона и является исключительной ответственностью CFDE TC и не обязательно отражает официальную точку зрения Национальных институтов здравоохранения.

Данный отчет о хакатоне был подготовлен Организационной командой хакатона и является исключительной ответственностью CFDE TC и не обязательно отражает официальную точку зрения Национальных институтов здравоохранения. В состав Организационной команды входят: Аллисса Диллман, PhD; ЛаФрэнсис Гибсон, MBA, MPH; Келли Берси, MPH, CHES; Регина Ренфро, BA; Падмашри Сараванан, MHS, MS; и Александр Нольте, PhD.

Источник: www.bio-itworld.com